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與傳統作物相比，科學家在轉基因作物種植之前所做的安全性評估工作要嚴格得多，其中就包括環境安全性評估。

通常情況下，科學家對一種轉基因作物需要做的環境安全性評價涉及十幾項甚至幾十項，主要包括四個大的方面：

一是生存競爭能力評價，在自然環境下，與非轉基因對照生物相比，評價轉基因生物的生存適合度與雜草化風險。

二是基因漂移的環境影響評價，評價轉基因生物的外源基因向其他植物、動物和微生物發生轉移的可能性及可能造成的生態后果。

三是生物多樣性評價，根據轉基因生物與外源基因表達蛋白的特異性和作用機理，評價對相關植物、動物、微生物群落結構和多樣性的影響，以及轉基因植物生態系統中病蟲害等有害生物地位演化的風險。

四是靶標害蟲抗性風險評價，評價轉基因抗性作物可能造成靶標害蟲產生抗性的風險。