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 燒根燒苗

不發酵的畜禽糞便施到農田，因為發酵不徹底，會發生“二次發酵”的現象。當發酵條件具備時，在微生物的活動下，生糞發酵；當發酵部位距根較近或作物植株較小時，發酵產生的熱量會影響作物生長，引起“燒根、燒苗”，嚴重時會導致植株死亡。

蟲害危害

糞便中含有大腸菌、線蟲等病菌和害蟲，直接使用會導致病蟲害的傳播、作物發病，對食用農產品的人的身體健康也會產生影響；未腐熟有機物質在土壤中發酵時，容易滋生病菌與蟲害，導致植物病蟲害的暴發。

毒氣危害

未腐熟的糞便在分解的過程中產生甲烷、氨等有害氣體，會使土壤和作物產生酸害和根系損傷。

土壤缺氧

未腐熟的糞便在分解的過程中會消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時性地處于缺氧狀態。在這種缺氧狀態下，會使作物生長受抑制。

養分流失

在傳統堆漚糞便的過程中，由于自然分解、風吹雨淋等原因，氮磷鉀等養分浪費流失十分嚴重，一般利用率只有50%左右。

肥效緩慢

未發酵腐熟的有機肥料中養分多為有機態或緩效態，不能被作物直接吸收利用，只有分解轉化成速效態才能被作物吸收利用。所以，未發酵直接施用會使肥效減慢。

由此可見，生糞或是未腐熟的動物糞便不能直接施入農田，否則會給農作物帶來嚴重危害。 （水生）